Algo que é importante para quem está preocupado com a segurança do Joomla é proteger o acesso ao site de administração do Joomla, ou seja, seu diretório administrator.
Uma alternativa para melhorar a segurança neste aspecto é usar o componente ChangeAdmin:
http://extensions.joomla.org/extensions/access-a-security/site-security/login-protection/14666
Atualmente também existem outras extensões que reforçam a segurança do Joomla.
Tudo que puder fazer para melhorar a segurança será válido.